Суть вопроса можно свести к новому вопросу - что лучше - посудомоечная или стиральная машина? Все зависит от угла, так сказать зрения, - чем хочешь заниматься. Смело утверждаю, что Винда нам всем привычней, поэтому и считается удобней.
Самые основные причины, которые я смею считать объективными, - это:
1. Бесплатность (что для образовательного учреждения не такой уж маленький фактор).
2. Присутствие открытого программного кода (все можно посмотреть, и подделать, в смысле, усовершенствовать или ухудшить, если ума хватит).
3. Безопасность.
В общем, на Линуксе лучше обучаться основам компьютера, постигать внутренние взаимосвязи и т.п. Поискать и найти аналоги коммерческих программ. И работать с ними. А дома - можешь ставить и Винду, и Линукс (две операционки на одном компе) - на Винде играть игры, а Линукс использовать для интернета и других системных и серьезных целей. Вскоре, надеюсь, и отпадет необходимость в Винде, рынок GPL развивается, расширяется и т.п.
И еще против Винды - очень она нехороша. В Висте введн формат DRM - управление цифровыми правами, это, по сути, уже называют управлением цифровыми ограничениями. А в лицензии даже сказано, что Виста имеет право удалять программы, которые она распознает, как вредоносные. А я не хочу так. Я хочу сам удалять и устанавливать программы без ограничений. Хочу хватать вирусы и бороться с ними. Хочу быть в инете, где захочу. Поэтому ДРМ - вон отсюда. Если я покупаю себе копию Винды, покупаю компьютер - всем этим сам хочу пользоваться. Представьте, в инструкции к автомобилю "Суперавтомобиль" был бы пункт: "2.4. Автомобиль снабжен встроенными в сидения лезвиями. Если пассажир чем-либо не понравится Автомобилю, то Автомобиль имеет право нанести вред пассажиру с помощью лезвий. Ответственность за последствия Фирма не несет". Ты бы купил такое? 
